Leonardovo vratké spojenectví s Karai pokračuje, když objeví záhadný mystický svazek, který má odpovědi na některé z jeho největších otázek. Zmutovaný Raphael se vrací domů do kanálů a nachází tam jen duchy. Michelangelo musí zachránit Regentu před nástrahami oceánu, zatímco se jejich pouto začíná vyvíjet. A Donatello dosáhne průlomu ve zmenšeném světě, ve kterém se ocitl.

