V úvodním příběhu „Monster Island“ založil Old Hob osadu na Ostrově mutantů, ale plukovník Wesley Knight je stále podezíravý a sleduje ho. Když se chce podívat zblízka, najde na ostrově těla několika mutantů zavěšená v pavučinách! Po událostech „The Armageddon Game“ se Želvy ocitly na rozcestí – snaží se udržet rodinu pohromadě, ale každý z nich zároveň cítí potřebu odpoutat se a poznat život ve světě, který o mutantech ví. Raphael si chce vyčistit hlavu, a tak sedne na motorku a vydá se na západ na sólo výlet s větrem v zádech a bez cíle… dokud dřímající nepřítel, který se chce pomstít Želvám, nenastraží nebezpečnou odbočku do Oblasti 51. Když je Raphael spolu s několika nečekanými starými přáteli držen jako rukojmí, jeho hledání sebe sama se změní v krizi a v poušti se bije, aby zabránil tomu, aby se zásoba žádané technologie E.P.F. dostala do nesprávných rukou. Najde Raphael nový smysl daleko od bratrů… nebo jen víc problémů, než dokáže sám zvládnout? Obsahuje Teenage Mutant Ninja Turtles: Alpha a Mutant Nation #1–5.