Leonardovo vratké spojenectvo s Karai pokračuje, keď objaví záhadný mystický zväzok, ktorý má odpovede na niektoré z jeho najväčších otázok. Zmutovaný Raphael sa vracia domov do kanálov a nachádza tam len duchov. Michelangelo musí zachrániť Regentu pred nástrahami oceánu, zatiaľ čo sa ich puto začína vyvíjať. A Donatello dosiahne prielom vo zmenšenom svete, v ktorom sa ocitol.

